رهبر معظم انقلاب اسلامي يکي از نيازهاي مهم حوزه علميه در شرايط کنوني را «تدوين طرح تحول» در حوزه و برنامه ريزي بلندمدت، دقيق و زمان بندي شده براساس، اين طرح و اهداف مورد نظر دانستند.
ايشان با تأکيد بر اينکه برنامه ريزي هاي حوزه علميه در بخش هاي مختلف بويژه دانش آموختگي و دانشوري، اجرايي و عرصه حکومت بايد با هدف پشتيباني و تغذيه ارتباط با حکومت اسلامي باشد، افزودند: حوزه علميه پشتوانه اقامه حکم اسلامي است، بنابراين اگر حکومت اسلامي، حکم اسلامي را به خوبي اجرا کند، حوزه علميه بايد با تمام وجود از آن حمايت کند و اگر دچار اشتباه مي شود، تذکر دهد.
رهبر انقلاب اسلامي، «برنامه بلندمدت» براي حوزه علميه را بسيار ضروري برشمردند و خاطرنشان کردند: دراين برنامه ريزي بايد اهداف کاملاً مشخص و قابل دستيابي و داراي زمان بندي باشند بگونه اي که برنامه قابل سنجش، کمي و همچنين قابل انعطاف باشد.
حضرت آيت الله خامنه اي با تأکيد بر اينکه برنامه بلندمدت حوزه بايد مبتني بر يک «طرح تحول حوزه» باشد، افزودند: بايد يک «مرکز مطالعات راهبردي» متشکل از نخبگان و فرزانگان هوشمند حوزوي تشکيل و برنامه تحول و ديگر برنامه هاي راهبردي حوزه، در اين مرکز تدوين شوند.
ايشان در پايان سخنان خود، چند توصيه را بيان کردند و گفتند: پرهيز از ديوان سالاري هاي شبه دولتي، نشست و برخاست مديران حوزه با طلبه ها، ايجاد فضاي انس با قرآن، در ميان طلاب، شناسايي استعدادهاي برتر، ترويج مطالعه بويژه در زمينه سيرِ تاريخِ علوم حوزه و تفسير، تربيت مبلغ هاي قلمي، سخنور و مبلغ فضاي مجازي از جمله نکاتي است که بايد در حوزه هاي علميه توجه ويژه اي به آنها شود.
پيش از بيانات رهبر انقلاب اسلامي، آيت‌الله «استادي» دبير شوراي عالي حوزه‌هاي علميه گزارشي از برنامه‌ها و فعاليت‌هاي اين شورا و مشکلات پيش روي آن بيان کرد.
همچنين حجت‌الاسلام والمسلمين «اعرافي» مدير حوزه‌هاي علميه مهمترين اقدامات انجام گرفته طي سال‌هاي اخير در بخش‌هاي مختلف حوزه‌هاي علميه را تشريح کرد.